必须收藏的几个好用的circRNA数据库 | 转录调控专题
网址：https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/
网址：http://www.circbase.org/
简介：circBase 收集多个物种的 circRNA 信息，包括人（hg19）、小鼠（mm9） 、秀丽线虫（ce6）、黑腹果蝇（dm3）等。circBase 提供在线查询比对，可以用于分析关注的其他物种 circRNA 是否在人和小鼠中存在同源的 circRNA。
网址：http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php
简介：汇总可编码蛋白的环状 RNA 数据库，共收集了超 3 万条人类外显子环状 RNA 记录，每条记录都包括基因组位置信息、RNA 编辑情况、所对应的基因组序列、IRES 序列元件、预测 ORF 以及相关的参考文献。
网址：http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
简介：CIRCpedia v2 是一个更新的综合数据库，数据来源于 Gene Expression Omnibus (GEO)，
Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project 及 EMBL-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) 三大 RNA-seq 数据库其中包含来自六个不同物种（人、大小鼠、果蝇、斑马鱼）的 180 多个RNA-seq 数据集的 circRNA 注释，识别到了 262782 个 circRNA。
网址：http://rna.sysu.edu.cn/deepbase3/
简介：中山大学推出的一个数据库，该数据库从新一代测序技术数据中注释和鉴定 circRNA/miRNA/piRNA 等及他们的表达模式，该数据库可以查看 circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA 的表达、物种保守性、功能、注释，还可以下载数据，包含在不同物种不同组织中的表达情况，还强调 ceRNA 分子网络互作。
网址：http://www.circbank.cn/index.html
网址：http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
简介：2018 首都医科大学的发表在Cell Death and Disease，数据库主要通过文献检索 circRNA 和disease的所有相关研究结果而搭建构成的，收集日期截止于 2017 年 11 月份，一共收集了 354 项研究的分析结果，得到了 330 种 circRNA 和 48 类人类疾病。
网址：https://mioncocirc.github.io/
简介：由密歇根大学开发的由癌症临床样本汇编的环状 RNA 数据库。在这个数据库里面可以查询到某个circRNA 在不同癌症临床样本的表达情况。mionocirc 是第一个广泛的临床，以癌症为中心的 circRNAs 资源。最重要的是，数据库基本上是从临床癌症样本（2000+）中构建的，跨越了大量的疾病部位。mionocirc代表了一个丰富的资源，包括原发肿瘤、转移瘤和非常罕见的癌症类型的 circRNA。感兴趣的研究人员也可以查询突变和拷贝数，因为 mionocirc 样本是从先前发表的基因组论文中收集的。
网址：http://www.rnanut.net/lncrnadisease/
网址：http://gb.whu.edu.cn/CSCD/
简介：CSCD 收录了肿瘤特异性的环状 RNA, 采用生物信息学手段分析 87 个肿瘤样本中的 circRNA, 并筛选出只在肿瘤患者中表达的环状 RNA。在官网首页，可以根据样本、来源基因、细胞定位对结果进行筛选， 检索结果中，每一行为一个 circRNA，会给出 circRNA 来源基因名称、对应的样本名称、所用软件的名称和对应的表达量。对于来源基因，有以下下内容：1. overview。这部分将基因结构进行可视化，矩形区域代表外显子，黑色实线代表内含子，同时用曲线标记环状 RNA 在来源基因上的位置，用折线代表可变剪切事件；2. Gene 这部分给出基因的染色体位置；3. Tran 这部分给出转录本的染色体位置；4. circRNA 这部分给出环状 RNA 的染色体位置；5.Splice 这部分给出可变剪切事件的染色体位置。
对于环状 RNA，详细信息如下：1. overview 这部分对环状 RNA 的结构进行可视化，同时提供了对应的miRNA 结合位点、蛋白结合位点、ORF 区域的可视化；2. circRNA 这部分给出环状 RNA 的染色体位置；
3. MRE 代表 miRNA 的结合位点，采用 Targetscan 软件进行预测；4. RBP 代表 RNA binding protein, 采用 HITS_CLIP 测序数据得到；5. ORF 代表开放阅读框，用于分析 circRNA 的编码潜能。
网址：http://bis.zju.edu.cn/CircFunBase/
简介：CircFunBase 是模型植物和动物中功能性 circRNA 的综合存储库，当前版本的 CircFunBase 记录了7000 多个手动策划的功能 circRNA 条目。CircFunBase 作为一种更具体的功能性 circRNA 资源，可以在其中有效地调查、浏览特定的 circRNA，并提供对 circRNA 功能的深入了解。
网址：http://circatlas.biols.ac.cn
简介：集成了 6 个物种（人、猕猴、小鼠、大鼠、猪、鸡）和各种组织的超过一百万个 circRNA。
网址：http://gb.whu.edu.cn/TSCD/
网址：http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index
简介：包含了超过 100 种细胞类型中的 92375 个环状 RNA 和 161 个 TFs，包括 690 个统一的 TFBS、36 个 H3K27ac、54 个 RNA-seq 和 61 个 450k 数据集。用户可以搜索和浏览 circRNAs 的 TFBSs，以及其他相关信息，针对特定的 TFs、细胞系或感兴趣的 circRNAs。TRCirc 有助于发现环状 RNA 的转录调控机制。
网址：www.exoRBase.org
简介：这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种circRNAs，15501 种 lncRNAs，18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据 GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了相关 RNA 分子的组织来源。它可以帮助我们迅速获取来自人血液外泌体的 RNA-seq 数据分析得到的 circRNA，lincRNA 以及 mRNA 的信息。数据库收录的样本包括健康对照者 32 例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6 例，结肠癌（CRC）12 例，肝细胞癌
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php
简介：该数据库是由中山大学杨建华教授团队开发的，该团队长期研究非编码 RNA，开发了知名的非编码RNA 功能网络预测工具 starBase 平台。circRNABase 数据库整合了已发表的 circRNA 和 CLIP-Seq 数据， 网站列出了能够预测到的与 CLIP-Seq 数据重叠的 miRNA-circRNA 相互作用，能够用来分析
miRNA-circRNA 互作，方便用户寻找潜在的 microRNA 靶标。（需要在特定时间访问）
网址：https://starbase.sysu.edu.cn/
简介：Starbase分析平台用于分析从TCGA项目整合的32种癌症类型的相关数据，数据类型包括lncRNAs、miRNA、snoRNAs、mRNA、circRNA等等，提供了miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-sncRNA和miRNA-mRNA相互作用的泛癌网络，也提供了CLIP-seq实验验证的RBP-lncRNA、RBP-circRNA和RBP-mRNA相互作用的泛癌图谱。由于收录的信息比较广泛，因此在不同组学的数据挖掘中都可以使用到Starbase数据库。
网址：http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
简介：PlantcircBase更新至6.0版本，收录了20个植物物种（比如拟南芥、水稻、番茄等）的circRNA序列信息、反向剪切点等，可以在线进行分析研究物种中circRNA是否可能在常见植物中找到同源circRNA。
网址：http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/
简介：收录了八种植物（拟南芥、二穗短柄草、大豆、大麦、亚洲栽培稻、番茄、小麦和玉米）的circRNA以及circRNA-miRNA-mRNA互作网络信息，还提供了circRNA的类型、反向剪接位点、亲本基因、相关亚型以及表达水平等基本信息。
网址：http://bis.zju.edu.cn/LeafcircBase/
简介：一个叶circRNA资源数据库，目前收录了来自五种模式植物叶子的circRNA，为circRNAs的基因组定位和保守提供了信息。
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